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データ分析・機械学習

〜素人の分析は玄人の直感に勝るか〜

【R】forestFloorパッケージをインストール

1.forestFloorパッケージ

randomForestで作成した分類器では説明変数の重要度を計算することができますが、次の段階の分析として感度分析を行うのが良いらしいです。

感度分析とは「各説明変数がどのように予測に影響するか」を分析すること。
その感度分析を行う上で使用するのがforestFloorパッケージです。

使い方などを試すのは次回以降に回すとして、今回はインストールでのエラーに少し悩んだので備忘録として残します。

2.インストール方法

動作環境

R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.12.3
Rstudioを使用


Rstudioのconsoleにて以下のコマンドを実行

install.package("forestFloor")


インストール完了後、パッケージをインポートしたが次のようなエラーがでました。

require(forestFloor)
要求されたパッケージ forestFloor をロード中です 
Error :  .onLoad は loadNamespace()'rgl' に対する)の中で失敗しました、詳細は: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error:  共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so' を読み込めません: 
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libGLU.1.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rgl/libs/rgl.so
Reason: image not found  

/opt/X11/lib/libGLU.1.dylibがロードできないということですが、そもそも/opt/X11というディレクトリが見当たらない…。

解決策を検索したところstack overflowにありました。
stackoverflow.com


どうやらXQuartz(X11)というものがインストールされている必要があるようです。
(元々はmacで標準で付属していたようですが、現在ではなくなったようです)


XQuartz(X11)のインストール
XQuartz

こちらからXQuartz(X11)をインストールし、再度forestFloorをインポート。
これでうまくいきました。